项目区河岸两侧生态系统薄弱，加之水蚀、风蚀、放牧等的影响，尼格曲上游年保玉则段流域两岸植被退化趋势明显，部分生物群落优势种退化消失，种群结构变化，毒草等生长比例不断增大，引起水源涵养能力降低，土壤基质营养物质失衡。随着流域内降水量不断增大，水蚀现象更加严重，生态水文变化大，水体内输入性物质增加，水生态失衡，径流入河口及河岸有侵蚀及后退现象。河流上游漂移质无序移动增多，无法有效形成生物群落聚居地。部分废弃人工迹地与周边生态系统割裂，在自然条件下有不断扩大的趋势，形成生态斑点，急需恢复生态连续。

久治县尼格曲流域水生态综合防治工程拟通过生态退化修复工程、湿地建设工程、入河径流冲刷防护及生态恢复工程、生态岸线修复工程等各项技术手段，使尼格曲流域水生态环境得到综合防治，改善黄河水质，为青海三江源自然保护区生态保护和建设总体规划的稳步推进做出有力贡献。